Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pemalang bertugas melaksanakan tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah Kabupaten Pemalang berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah dan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Dalam melaksanakan tugas tersebut, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pemalang menyelenggarakan fungsi:
- perumusan dan penetapan visi, misi, dan kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama kepada masyarakat di Kabupaten Pemalang;
- pelayanan, bimbingan, dan pembinaan kehidupan beragama;
- pelayanan, bimbingan, dan pembinaan haji dan umrah, serta zakat dan wakaf;
- pelayanan, bimbingan, dan pembinaan di bidang pendidikan madrasah, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan;
- pembinaan kerukunan umat beragama;
- pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pengelolaan administrasi dan informasi;
- pengoordinasian perencanaan, pengendalian, pengawasan, dan evaluasi program; dan
- pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait, dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas Kementerian Agama di Kabupaten Pemalang.